Sebagaimana diamanatkan dalam Undang-undang Nomor 18 Tahun 2012 tentang Pangan, untuk pelaksanaan pembangunan ketahanan pangan di tingkat pusat dibutuhkan kelembagaan ketahanan pangan. Sejalan dengan amanat tersebut, sesuai dengan Peraturan Presiden No 45 tahun 2015 tentang Kementerian Pertanian, Badan Ketahanan Pangan mempunyai tugas menyelenggarakan koordinasi dan perumusan kebijakan dibidang peningkatan diversifikasi dan pemantapan ketahanan pangan. Pelaksanaan tugas diselenggarakan secara efektif dan efisien berdasarkan prinsip tata kelola pemerintahan yang baik (good governance).

Prinsip tata kelola yang baik tersebut meliputi manajemen di Badan Ketahanan Pangan mulai dari aspek perencanaan sampai dengan evaluasi dan pelaporan ketahanan pangan. Upaya untuk mencapai prinsip tata kelola yang baik diawali dengan pembaruan dan perubahan mendasar terhadap sistem penyelenggaraan pemerintahan di lingkup Badan Ketahanan Pangan. Langkah strategis perubahan tersebut melalui agenda reformasi birokrasi dengan 8 (delapan) area perubahan meliputi:

1. Aspek kelembagaan, guna melahirkan organisasi yang proporsional, efektif, dan efisien (organisasi yang tepat fungsi dan tepat ukuran);
2. Aspek tata laksana, guna melahirkan sistem, proses dan prosedur kerja yang jelas, efektif, efisien, terukur dan sesuai prinsip-prinsip good governance; 
3. Peraturan perundang-undangan, guna melahirkan regulasi yang lebih tertib, tidak tumpang tindih dan kondusif;
4. Sumber daya manusia aparatur, guna melahirkan sumber daya manusia aparatur yang berintegritas, netral, kompeten, capable, profesional, berkinerja tinggi dan sejahtera;
5. Pengawasan, bertujuan meningkatnya penyelenggaraan pemerintahan yang bebas korupsi, kolusi, dan nepotisme;
6. Akuntabilitas, bertujuan meningkatnya kapasitas dan kapabilitas kinerja birokrasi;
7. Pelayanan publik, untuk mewujudkan pelayanan prima sesuai kebutuhan dan harapan masyarakat; dan
8. Mindset dan Cultural Set Aparatur Badan Ketahanan Pangan, guna melahirkan birokrasi dengan integritas dan kinerja yang tinggi.

Dalam rangka menunjang upaya pencapaian ketahanan pangan nasional, provinsi dan kabupaten/kota telah terbentuk SKPD Ketahanan Pangan yang didasari dengan semangat untuk mendorong terwujudnya struktur pemerintahan yang efisien, efektif dan memberikan pelayanan maksimal kepada masyarakat. Pembangunan ketahanan pangan ke depan dihadapkan pada perubahan lingkungan strategis, baik domestik maupun internasional yang dinamis. Dengan demikian, dituntut kinerja kelembagaan ketahanan pangan yang handal baik di tingkat pusat, provinsi, maupun kabupaten/kota. Bentuk dan nama unit kerja yang menangani ketahanan pangan baik di tingkat provinsi maupun kabupaten/kota masih sangat beragam, seperti terlihat pada Tabel Berikut:

Tabel Bentuk Kelembagaan Ketahanan Pangan Seluruh Indonesia

Sumber : BKP, Kementan

Dalam era desentralisasi dan otonomi daerah, hubungan kerja antara pusat dengan daerah adalah hubungan fungsional dalam pembangunan ketahanan pangan. Oleh karena itu, dalam rangka memperkuat aspek koordinasi dan sinkronisasi kebijakan dan program diperlukan Dewan Ketahanan Pangan (DKP) pada berbagai tingkatan pemerintahan (pusat, provinsi, dan kabupaten/kota). Jumlah kelembagaan DKP saat ini meliputi 33 provinsi dan 437 kab/kota. Selain hubungan antar pemerintahan, juga dibutuhkan peran serta masyarakat dan partisipasi seluruh pemangku kepentingan (stake holders) dalam mencapai target pemantapan ketahanan pangan.