Badan Pangan Nasional memiliki beberapa program yang didasari dari sasaran strategis yang telah ditentukan. Sasaran strategis kedua adalah stabilisasi pasokan dan harga pangan. Sasaran strategis ini diturunkan menjadi salah satu program yaitu stabilisasi pasokan dan harga pangan. Stabilisasi pasokan dan harga pangan dilakukan untuk melindungi pendapatan dan daya beli petani, nelayan, pembudi daya ikan, dan pelaku usaha pangan mikro dan kecil, serta menjaga keterjangkauan konsumen terhadap pangan pokok. Adapun strategi yang dilakukan untuk mencapai sasaran strategis kedua adalah:

1. Penguatan sistem logistik nasional
2. Stabilisasi harga pangan di produsen dan konsumen
3. Perluasan akses informasi ketersediaan, pasokan dan harga pangan
4. Penguatan kelembagaan pangan yang inklusif (petani, pelaku usaha pangan, Badan Usaha Milik Negara/Badan Usaha Milik Daerah (BUMN/BUMD di Bidang Pangan)