Badan Pangan Nasional memiliki beberapa program yang didasari dari sasaran strategis yang telah ditentukan. Sasaran strategis keempat adalah terjaminnya keamanan dan mutu pangan segar. Sasaran strategis ini diturunkan menjadi salah satu program yaitu keamanan pangan. Keamanan pangan diselenggarakan untuk menjaga pangan tetap aman, higienis, bermutu, bergizi, dan tidak bertentangan dengan agama, keyakinan, dan budaya masyarakat. Selain itu, keamanan pangan dimaksudkan untuk mencegah kemungkinan cemaran biologis, kimia, dan benda lain yang dapat mengganggu, merugikan, dan membahayakan kesehatan manusia.  Adapun strategi yang dilakukan untuk mencapai sasaran strategis keempat adalah:

1. Penguatan sistem jaminan keamanan dan mutu pangan

2. Peningkatan kapasitas stakeholder sistem pangan dalam rangka jaminan keamanan dan mutu pangan segar